Erik Nielsen se convirtió en director titular de la Orquesta Sinfónica de Bilbao en septiembre de 2015 y desempeñó el cargo como director musical del Teatro de Basilea de 2016 a 2018. En 2002 comenzó una asociación de 10 años con la Ópera de Frankfurt, comenzando como Korrepetitor (pianista) y más tarde como Kapellmeister. Un año antes de esto, fue arpista en la Filarmónica de Berlín como miembro de su Orchester-Akademie.
El Maestro Nielsen estudió dirección de orquesta en el Instituto de Música Curtis en Filadelfia y recibió su licenciatura en oboe y arpa en la Juilliard School of Music.
Algunos de sus próximos proyectos para la temporada 19/20 incluyen Die Meistersinger en Oslo, una gira por China con la Royal Swedish Opera Orchestra, además de conciertos en Madrid, Manchester, y su regreso a la Bayerische Staatsoper en Múnich.
Entre los compromisos recientes se encuentran Karl V de Krenek con la Bayerische Staatsoper Munich, Edipo Rex, Prigioniero y Pelléas et Mélisande en la Semper Oper Dresden, Peter Grimes y Orja de Trojahn en la Opernhaus de Zúrich, Billy Budd y Das Mädchen de Lachenmann en Frankfurt, Mendi Mendiyan de Usandizaga, la Pasión según san Juan y Salome en Bilbao, y The Rake's Progress en Budapest, además de conciertos en Oslo, Estocolmo, Madrid, Estrasburgo, Lisboa, Basilea, Aspen y en el Interlochen Arts Camp.
En 2009 fue galardonado con el Premio Sir Georg Solti por la Fundación Solti U.S.